Theo Hiệp ước Lisbon cơ cấu trụ cột sẽ bị bãi bỏ, hợp nhất trụ cột Cộng đồng với các trụ cột khác thành một Liên minh châu Âu đơn giản, trong đó các cơ quan thể chế của Liên minh sẽ có các quyền lớn hơn, và từ đây tư cách pháp nhân của Cộng đồng sẽ được chuyển sang Liên minh châu Âu. Điều này đã được Hiến pháp châu Âu đề nghị từ trước, nhưng Hiệp ước Lisbon đã không được mọi nước thành viên phê chuẩn năm 2005.

Không như Cộng đồng Kinh tế châu Âu, hiệp ước Cộng đồng Năng lượng nguyên tử châu Âu không hết hiệu lực, và mặc dù có các đề nghị hợp nhất hoàn toàn vào Liên minh châu Âu, nó vẫn tồn tại như một thực thể riêng bên trong Liên minh.